Depuis vingt-deux ans, Jean-Louis Bruguière instruit, pour la justice française, les dossiers du terrorisme. Sa première enquête fut l'attentat de la rue des Rosiers, commis à Paris en août 1982. Dès lors, il se verra confier les affaires les plus sensibles de la République. En 1986 il prend la tête de la Section anti-terroriste. C'est à ce titre qu'il se trouvera, à plusieurs reprises, confronté au terrorisme d'État. D'abord en 1989, avec l'explosion en vol d'un avion d'UTA, qui fera 170 morts - acte criminel dans lequel la Libye est directement impliquée. Puis en 1991, lorsque l'Iran des mollahs est mis en cause dans l'assassinat, à Neuilly, de Chapour Bakhtiar, ancien premier ministre du Shah. Enfin en 1995, avec la vague d'attentats imputée au GIA algérien et qui ouvre, pour l'État français, l'ère des dossiers liés à la mouvance islamiste.