Par surcroît, la jeune république indépendante a subi de plein fouet les conséquences des sanctions internationales décrétées en 1992 contre la Yougoslavie (Serbie et Monténégro) qui était, et de loin, son principal partenaire commercial. Dans ces circonstances difficiles, l'économie macédonienne s'est effondrée. Le pays, à vocation essentiellement agricole, figurait déjà parmi les républiques pauvres de l'ancienne Yougoslavie. Quand il s'est retrouvé isolé, seuls les trafics ont pu se développer. Du coup, de puissants réseaux criminels s'y sont implantés durablement.
Les relations avec la Bulgarie n'ont jamais été sereines. Aux yeux de Sofia, les Macédoniens ne seraient que des Bulgares occidentaux. Dans cette logique, la Bulgarie a reconnu l'État de Macédoine dès son accession à l'indépendance, mais a refusé de reconnaître la nation et la langue macédoniennes (on parlait parfois à Sofia de « deux États, une seule nation », sur le modèle des deux Allemagnes ou des deux Corées). Ce n'est qu'en 1999 que la Bulgarie a, de facto, reconnu que la langue parlée en Macédoine était distincte du bulgare (1).
Cette fragile Macédoine faillit sombrer en 2001. Dans les années 1990, des attentats sporadiques avaient déjà été revendiqués par des mouvements clandestins albanais. En 1998-1999, la guerre du Kosovo et l'afflux de près de 400 000 réfugiés albanais en Macédoine durant les bombardements de l'Otan (mars-juin 1999) avaient menacé la stabilité de l'État, mais la collaboration entre les partis politiques albanais et macédoniens permit d'éviter une crise majeure. L'apparition de l'Armée de libération nationale (Ushtria Clirimtare kombëtare, UCK - nous utiliserons ici le sigle UCK-M pour distinguer cette guérilla de l'UCK du Kosovo) changea la donne. En quelques semaines, au printemps 2001, les combats se généralisèrent dans tout le quart nord-ouest du pays, frontalier avec le Kosovo, où se concentre la minorité albanaise.
Cette « drôle de guerre », dernier en date des conflits yougoslaves, se solda par un bilan contrasté : « seulement » …